Como já sabíamos, o jogo se passa alguns meses depois dos acontecimentos do primeiro jogo. O antigo diretor do Arkham, Quincy Sharp, é prefeito de Gotham e, como malucos fazem maluquices, ele moveu os prisioneiros de Blackgate e internos do Arkham pra um local no meio da cidade - por isso Arkham City.
"Vai dar merda, Capitão...vai morrer gente"